Dépistage des variants covid-19 : quel test pour les détecter ?

Les variants du SARS-CoV-2 font l’objet d’une surveillance génomique. Les tests de diagnostic détectent l’infection ; des analyses de séquençage réalisées sur certains prélèvements permettent de suivre les variants. Voici ce que ces démarches impliquent pour le patient.

Covid-19 : quand faut-il procéder au dépistage des variants ?

Depuis le 30 juin 2023, la surveillance des variants en France repose sur le séquençage. Le criblage systématique après chaque test positif n’est plus le dispositif en vigueur. Le séquençage est organisé sur des prélèvements sélectionnés pour la surveillance ou certaines indications ; il ne correspond pas à un second test automatiquement demandé à chaque patient. En cas de symptômes ou de test positif, demandez conseil à un professionnel de santé et adoptez les gestes de prévention recommandés pour protéger votre entourage.

Comment se déroule la surveillance génomique des variants ?

Le criblage systématique des variants par PCR n’est plus une recommandation active en France. Depuis 2023, la surveillance génomique des variants est assurée par des réseaux sentinelles (Emergen/Santé publique France) et non par criblage systématique post-test positif. Si vous avez réalisé un test PCR covid-19 qui s’avère positif, consultez un médecin pour une prise en charge adaptée.

Un résultat positif n’impose pas de réaliser un second prélèvement uniquement pour un criblage systématique des variants. Suivez les conseils du professionnel de santé pour votre prise en charge.

Bon à savoir : les tests avec prélèvement salivaire sont dorénavant utilisés pour le dépistage massif des élèves dans les écoles, et dans certaines situations particulières. En revanche, ces tests, tout comme les tests sanguins (sérologiques), ne permettent pas de déterminer si une contamination est due à un variant.

Test PCR ou antigénique : sont-ils gratuits pour tout le monde ?

Depuis le 1er mars 2025, les tests RT-PCR de dépistage du Covid-19 sont pris en charge à 60 % par l’Assurance Maladie sur présentation d’une prescription médicale. Votre complémentaire peut couvrir tout ou partie du reste selon votre contrat. Les tests antigéniques et les autotests ne sont plus remboursés par l’Assurance Maladie. Après un résultat antigénique positif, le médecin apprécie si un test RT-PCR supplémentaire est utile.

Peut-on connaître le variant responsable de son infection ?

Un résultat positif à un test diagnostique ne permet pas, à lui seul, de connaître précisément le variant responsable de l’infection. Le séquençage analyse le génome viral ; il n’est pas réalisé systématiquement sur chaque test positif et ne donne pas lieu à une notification individuelle automatique pour tous les patients.

Le séquençage permet de suivre les variants déjà connus et de détecter de nouvelles lignées. Il est utilisé dans la surveillance représentative, les investigations ciblées et certaines situations particulières définies par les autorités sanitaires.

Dépistage des variants : que faire en cas de test positif ?

Dépistage des cas contact : qui prévenir ?

Après un test positif au Covid-19, prévenez les personnes avec lesquelles vous avez eu des contacts récents afin qu’elles surveillent leur état. Limitez les interactions, évitez les personnes fragiles, portez un masque et aérez. L’isolement n’est plus obligatoire.

Pour rappel, il y a contact à risque si :

• vous avez eu un contact étroit avec une personne positive à la Covid-19 (les critères officiels de cas contact ne sont plus diffusés depuis la fin du dispositif national de contact tracing en 2023) ;
• vous êtes contaminé et partagez votre lieu de vie avec d’autres personnes ;
• vous avez reçu ou prodigué des soins ou actes d’hygiène ;
• vous avez partagé un espace confiné de manière prolongée avec une personne positive (les seuils officiels de durée ne sont plus diffusés depuis la fin du dispositif national de contact tracing en 2023) ;
• êtes resté en face à face avec une personne durant des épisodes de toux et d’éternuements, même à plus de 2 mètres.

En cas de symptômes respiratoires, appliquez les gestes barrières et demandez conseil à un professionnel de santé, notamment si vous êtes à risque de forme grave. Un test peut être utile selon la situation. Les personnes contacts ne sont pas soumises à une obligation générale d’isolement ou à un test PCR systématique.

Combien de temps s’isoler suite au dépistage d’un variant ?

Depuis le 1er février 2023, l’isolement systématique des personnes positives au Covid-19 n’est plus obligatoire en France. Cette règle ne dépend pas du variant identifié. Il reste recommandé de limiter les contacts, d’éviter les personnes fragiles, de porter un masque et de demander un avis médical selon les symptômes.

Téléconsulter un médecin en cas de symptômes Covid-19

Suite à un dépistage d’un variant de la covid-19, il est important que vous consultiez un médecin et de préférence à distance, pour réduire le risque de contamination. Vous pouvez téléconsulter un médecin pour recevoir des conseils médicaux pour vous soigner, et si besoin, une ordonnance pour des traitements adaptés. Vous pourrez la recevoir en ligne en version électronique. Ainsi, vous évitez de vous déplacer.

Enfin, sachez que les téléconsultations médicales sont prises en charge par l’Assurance Maladie en fonction de votre situation dans le parcours de soins coordonnées, qu’elles concernent ou non le Covid-19.

Concrètement, pour que la téléconsultation soit remboursable, vous devez respecter le parcours de soins coordonnés en passant par votre médecin traitant ou en consultant un spécialiste accessible en accès direct.

Sinon, vous devez avoir moins de 16 ans ou entrer dans l’une de ces exceptions :

1. ne pas avoir de médecin traitant déclaré ;
2. indisponibilité du médecin traitant dans un délai compatible avec l’état de santé ;
3. situation d’urgence.

Que faire si je suis cas contact d’une personne contaminée par un variant ?

Si vous êtes cas contact d’une personne infectée par la covid-19, il n’existe plus d’obligation légale d’isolement en France depuis la fin du dispositif de gestion de crise COVID-19. Il est néanmoins conseillé de surveiller l’apparition de symptômes et de consulter un médecin si nécessaire.

Si vous vivez avec une personne contaminée, il n’existe plus d’obligation légale d’isolement en France depuis la fin du dispositif de gestion de crise COVID-19. Il est recommandé de surveiller vos symptômes et de consulter un médecin si nécessaire.